万连步认为，水肥一体化是农业发展与资源约束问题的一个很好的技术。这些年来，国家各级部门陆续出台相关政策，支持水肥一体化技术发展，但我国农业基础设施相对薄弱，且在节水灌溉行动中存在重设备、轻技术的现象，在一些地区只注重节水灌溉工程建设和设备配备，仅用于农田灌溉，没有真正实现水肥一体化。另外，水肥一体化技术应用前期投入较大，而我国相应的财政补贴机制还没有建立，在农业比较效益偏低的情况下，农民投入意愿不高。
万连步告诉记者，水肥一体化已经完全可以替代传统的灌水和施肥方式，建议将其纳入国家支农惠农政策范畴，加大投入，建立水肥一体化技术补贴专项，固定投资渠道，提高补贴比例。与此同时，建立全方位、多层次、高标准的水肥一体化技术试验示范展示网络，增加示范区域，扩大示范规模。通过技术讲座、田间学校、入户指导等形式，逐级开展培训，为大规模推广应用奠定人才基础。建议国家在水肥一体化方面设立专项资金，加大研发投入，深化技术研究。根据我国区域特点和生产实际需求，建立完善的区域技术模式和灌溉施肥制度，形成以水肥一体化为核心的农业种植新模式。
他还建议中央财政设立专项，用于建立全方位、多层次、高标准的水肥一体化技术试验示范网络，优化推广机制，形成ZF、科研机构、企业、农业经营组织“四位一体”的推广机制。
