为提升供水水质，近年来东江水务大力推进水厂和管网的升级改造。据不完全统计，2009年至今，东江水务已投入1.82亿元用于水厂升级改造，及逾1.14亿元用于供水管网改造。
水厂升级改造上，2009年投入1.2亿元，在第六水厂常规工艺的基础上增加臭氧-生物活性碳深度处理工艺。同时，为了提高水厂应对水源水突发性污染的应急能力、保障供水安全，近年来共投入2000多万元，在所属各水厂增设高锰酸钾、粉末活性碳和碱投加系统等应急处理工艺。
为了提高加氯间的安全性，东江水务于2009年投入227万元对第三、四、五水厂加氯间进行全面改造。2010年，共投入约455万元，对所属各水厂厂区管网及设备进行全面防腐处理。随后，又于2012-2013年投入624万元，在所属各水厂增加投碱工艺。
为了提高水厂对水源水季节性污染的应对能力，东江水务于2012年投资250多万元对第二水厂滤池进行改造。
