由于近期处于枯水期，且每天仍有约9 万吨生活污水排入小清河，使得正在治理中的小清河流域水质出现一定程度污染。对此，济南市已制定并采取应急措施，确保小清河以及漯河水质尽快达到常见鱼类稳定生长的标准要求。
记者从环保部门了解到，小清河仍被污染有三大原因，一是柳行河、北太平河、大辛河、腊山河等小清河支流截污整治工作尚未完成，每天约有9万吨生活污水排入小清河；二是目前正处于枯水期，清水水源补给量减少，直接影响了河水稀释净化；三是部分垃圾直接或通过支流进入小清河，垃圾降解发酵后对河水造成了一定污染。同时，漯河流域也出现污染情况，主要是由于章丘污水处理厂出水水质虽达标，但氨氮浓度偏高，新建的刁镇污水处理站出水水质尚不稳定，且沿河村镇缺少配套管网，生活污水直排，造成了漯河污染。
为加强小清河水质保护，济南市已制定并实施应急措施。包括：将受腊山分洪工程影响外溢至兴济河的污水全部抽回污水管网，并尽快永久性恢复兴济河污水管道；通过设立临时拦河坝将柳行河污水引入光大水务一厂，通过疏通河道截流井、增加水泵提水等措施将大辛河污水引入光大水务三厂；结合小清河综合治理二期工程，完成对北太平河的截污整治；完成辖区河道内生活垃圾清理工作，制止向河道倾倒生活垃圾等。
针对漯河目前的污染状况，有关部门将加强章丘污水处理厂和刁镇污水处理站的运行管理，提高工艺处理水平，同时督促沿岸村镇采取建设临时拦水坝等措施，杜绝生活污水直排漯河，并加快建设乡镇污水处理站。
